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【允英學(xué)術(shù)】剝繭抽絲|允英聯(lián)合上海瑞金及上海長(zhǎng)海醫(yī)院建立小細(xì)胞肺癌化療預(yù)后預(yù)測(cè)模型
發(fā)布時(shí)間: 2023-7-24 8:43:16

    小細(xì)胞肺癌(Small cell lung cancer,SCLC)約占全部肺癌患者的15%,但其具有侵襲性強(qiáng)且易轉(zhuǎn)移的特性,導(dǎo)致患者臨床預(yù)后極差,中位生存期不足10個(gè)月,5年平均生存率只有3%左右。目前個(gè)性化精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)方案較少惠及SCLC患者,傳統(tǒng)放化療藥物依然是臨床不可或缺的治療策略。然而,部分SCLC患者對(duì)依托泊苷聯(lián)合卡鉑或順鉑初發(fā)耐藥,這些患者在接受標(biāo)準(zhǔn)一線治療方案后病情可能加速惡化。因此,通過分子檢驗(yàn)手段主動(dòng)甄別化療耐藥患者并開展分層管理,對(duì)延長(zhǎng)患者生存期具有重要意義。

    面對(duì)該伴隨診斷技術(shù)需求,允英醫(yī)療攜手上海瑞金醫(yī)院、上海長(zhǎng)海醫(yī)院開展科研攻關(guān),依托于允英AllNGS? Panel-315一站式檢測(cè)平臺(tái)產(chǎn)品,借助人工智能機(jī)器學(xué)習(xí)隨機(jī)森林聯(lián)合支持向量機(jī)分類器算法分析,成功證實(shí)SDH基因家族突變狀態(tài)對(duì)中國人群SCLC患者的化療預(yù)后具有預(yù)測(cè)價(jià)值。相關(guān)研究成果“SDH mutations, as potential predictor of chemotherapy prognosis in small cell lung cancer patients”發(fā)表于SCI雜志Discover Oncology(DOI:  10.1007/s12672-023-00685-4)。上海瑞金醫(yī)院呼吸與危重癥科項(xiàng)軼主任、上海長(zhǎng)海醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科董宇超主任擔(dān)任本論文通訊作者,允英醫(yī)療張道允博士與鞏子英博士為共同通訊作者1。



    本研究排除了病理診斷非SCLC、非局限性惡性腫瘤既往史的患者群體后,共回顧性納入了78名接受4-6個(gè)周期的一線標(biāo)準(zhǔn)依托泊苷聯(lián)合卡鉑或順鉑治療方案的SCLC患者。所有入組患者均提供了質(zhì)量合格的石蠟包被腫瘤組織樣本,并使用允英AllNGS? Panel-315產(chǎn)品開展了液相雜交捕獲測(cè)序。隨后,依據(jù)患者總生存期(Overall Survival,OS)是否達(dá)到10個(gè)月,將患者隊(duì)列進(jìn)一步分為預(yù)后好組(OS≥10)與預(yù)后差組(OS <10)。初步針對(duì)預(yù)后好隊(duì)列與預(yù)后差隊(duì)列患者每個(gè)基因的突變數(shù)進(jìn)行了聚類分析,結(jié)果并未觀察到基因突變豐度與患者化療預(yù)后間存在統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的相關(guān)性或預(yù)測(cè)特征。

    為了進(jìn)一步深入挖掘兩個(gè)隊(duì)列間可能存在的潛在分層特征,本研究對(duì)預(yù)后好組與預(yù)后差組患者間的所有基因突變使用隨機(jī)森林(Random forest,RF)分類器進(jìn)行了篩選,并按照突變對(duì)分組的貢獻(xiàn)度進(jìn)行了排序。選取貢獻(xiàn)度最高的前20個(gè)突變特征進(jìn)行后續(xù)分析,發(fā)現(xiàn)相較于預(yù)后好組,預(yù)后差組中這些突變出現(xiàn)的頻率更高,并且使用支持向量機(jī)(Support vector machine,SVM)算法針對(duì)這20個(gè)基因建立的預(yù)后預(yù)測(cè)模型能夠很好的評(píng)估SCLC患者化療響應(yīng)幾率(AUC=0.89)。


    有趣的是,所選的20個(gè)基因中,SDH家族和其它6個(gè)基因在預(yù)后差組患者中突變頻率明顯高于預(yù)后好組患者,且差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性。其中,攜帶SDH家族、PDCD1LG2或STAT3基因突變的患者,其OS明顯短于非攜帶者。




    基于公共數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù),本研究證實(shí)了在SCLC患者中,攜帶SDH家族突變者OS相比非攜帶者顯著縮短。為了調(diào)查這些基因突變對(duì)患者化療預(yù)后的影響,本研究進(jìn)一步依據(jù)臨床病理特征將入組患者細(xì)分為局限期(Limited-stage,LS)與廣泛期(Extensive-stage,ES)隊(duì)列。結(jié)果發(fā)現(xiàn),局限期患者隊(duì)列中不存在SDH家族突變或PDCD1LG2基因突變,而無論是局限期還是廣泛期患者中,攜帶STAT3突變的患者化療預(yù)后均明顯差與非攜帶者,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,提示這三個(gè)基因突變攜帶者疾病更易于進(jìn)展且腫瘤細(xì)胞對(duì)一線標(biāo)準(zhǔn)化療表現(xiàn)出耐受性,因此可能是富有臨床應(yīng)用價(jià)值的SCLC化療預(yù)后甄別標(biāo)志物。

    本研究后續(xù)對(duì)模型中具有輔助預(yù)后預(yù)測(cè)意義的20個(gè)基因進(jìn)行了GO功能與KEGG信號(hào)通路富集分析,發(fā)現(xiàn)這些基因主要富集在三羧酸循環(huán)、碳代謝、氧化磷酸化、鉑類耐藥和PD-L1表達(dá)相關(guān)通路上,提示這些通路可能對(duì)SCLC患者臨床化療藥物敏感性具有重要生物學(xué)意義,也可能是SCLC疾病進(jìn)展的原因之一。

    綜上,本研究基于允英AllNGS?高通量測(cè)序檢測(cè)數(shù)據(jù),借助于機(jī)器學(xué)習(xí)算法,構(gòu)建了一個(gè)用于預(yù)測(cè)SCLC患者對(duì)標(biāo)準(zhǔn)一線化療方案響應(yīng)幾率的模型。相關(guān)成果首次提出SDH基因家族的重要性,拓展了應(yīng)用于SCLC患者伴隨診斷領(lǐng)域的可選生物標(biāo)志物信息庫,并為指導(dǎo)SCLC患者化療后生存預(yù)測(cè),協(xié)助臨床患者分層管理與精準(zhǔn)醫(yī)療提供了重要參考與理論依據(jù)。

參考文獻(xiàn):
1. Zeng R, Fan X, Yang J, et al. SDH mutations, as potential predictor of chemotherapy prognosis in small cell lung cancer patients. Discov Oncol. 2023;14(1):89. doi:10.1007/s12672-023-00685-4
 
    允英醫(yī)療以長(zhǎng)三角區(qū)域?yàn)橹行模椛淙袊?,公司致力于打造癌癥精準(zhǔn)診療的新型生態(tài)圈,綜合運(yùn)用基因突變檢測(cè)、基因甲基化檢測(cè)、基因編輯重組等生物科技的前沿技術(shù),全方位提供從癌癥早期精準(zhǔn)篩查、癌癥靶向用藥檢測(cè)、癌癥治療藥物研發(fā)一體化的腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)解決方案。目前在上海、浙江及青海共設(shè)有三家實(shí)驗(yàn)室。

    允英醫(yī)療成立至今,順利通過由國家衛(wèi)健委臨檢中心、國家病理質(zhì)控中心、美國病理學(xué)會(huì)等機(jī)構(gòu)組織的室間質(zhì)評(píng)。檢驗(yàn)?zāi)芰Λ@得了美國病理學(xué)會(huì)PT認(rèn)證,腫瘤核心基因檢測(cè)試劑盒通過歐盟CE認(rèn)證,獲得國家藥品監(jiān)督管理局(NMPA)注冊(cè)批準(zhǔn),且生產(chǎn)管理質(zhì)量體系獲國際ISO13485認(rèn)證。目前允英已累計(jì)為近三十萬例腫瘤患者提供精準(zhǔn)檢測(cè)服務(wù),為國內(nèi)腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療領(lǐng)域開拓者。同時(shí)允英秉承“嚴(yán)謹(jǐn)、高效”的理念,堅(jiān)守分子診斷技術(shù)創(chuàng)新與應(yīng)用探索,為腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療與伴隨診斷領(lǐng)域的茁壯發(fā)展貢獻(xiàn)力量。


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